Rendement diagnostique différentiel de la RT-PCR SARS-CoV-2 selon les indications du test à Thiès, Sénégal : implications pour le dépistage ciblé en contexte de ressources limitées

Résumé

Introduction : dans les pays à ressources limitées comme le Sénégal, l’optimisation du dépistage de la COVID
19 est cruciale. Cette étude visait à analyser le rendement diagnostique de la RT-PCR SARS-CoV-2 selon les
indications du test (patients symptomatiques, voyageurs, contacts à risque, personnel de santé) dans la région de
Thiès, afin d’identifier les groupes à haut risque et d’orienter les stratégies de dépistage ciblé. Méthodes : une
étude transversale descriptive et analytique a été menée du 1er au 31 janvier 2022 au Laboratoire National de Santé
Publique de Thiès. Au total, 883 patients ont été testés par RT-PCR nasopharyngée. Les taux de positivité ont été
comparés entre les quatre groupes par test du χ², et des odds ratios bruts (OR) avec IC95 % ont été calculés.
Résultats : le taux de positivité global était de 18,6 % (IC95 % : 16,0-21,3). Il variait significativement selon
l’indication du test (p < 0,0001). Les patients symptomatiques présentaient le taux le plus élevé (40,8 % ; OR =
5,22 [3,57-7,63] vs voyageurs). Les voyageurs (54,4 % des tests) avaient un taux de 11,7 % (IC95 % : 9,0-14,9).
Les contacts à risque et le personnel de santé avaient des taux faibles (respectivement 7,0 % et 4,8 %), sans
différence significative par rapport aux voyageurs. Parmi les 164 cas positifs, la fièvre (81,7 %), la toux (64,0 %)
et la dyspnée (53,7 %) étaient les symptômes dominants. Conclusion : dans un contexte de ressources limitées,
le dépistage par RT-PCR doit prioriser les patients symptomatiques (fièvre, toux). Le dépistage systématique des
contacts asymptomatiques et du personnel de santé en l’absence de symptômes est peu efficient. Le dépistage des
voyageurs, bien que de rendement intermédiaire, a détecté plus d’un tiers des cas positifs et doit être maintenu ou
allégé selon la circulation virale. Ces résultats plaident pour une allocation ciblée des tests moléculaires rares et
coûteux.